Pagar Nusa berdiri pada 22 Rabi'ul Akhir 1406 H / 3 Januari 1986 M di Pondok Pesantren Lirboyo Kediri, Jawa Timur. Kemudian disahkan melalui Surat Keputusan NU pada tanggal 9 Dzulhijah 1406 H/16 Juli 1986 M. Ketua Umum yang pertama adalah beliau KH. Abdulloh Maksum Jauhari.
Pendirian ini sebagai bentuk pesona kiai NU terhadap pasang surutnya pencak silat NU sebagai tradisi budaya di lingkungan pesantren. Organisasi ini dikukuhkan sebagai badan otonom sesuai dengan Keputusan Muktamar ke 31 NU di Boyolali Jateng. Jargon yang sering digaungkan yakni : ڵا غالب إلا بالله ( Tiada yang dapat mengalahkan kecuali pertolongan dari Allah )
Kantor Pusat sekarang bertempat di Jalan Kramat Raya No. 164 Jakarta Pusat, DKI Jakarta. Secara runtut, Pagar Nusa diketuai oleh : KH. Maksum Jauhari (Gus Maksum) , KH. Dr. Suharbillah , KH Drs. Fuad Anwar (2007-2012), KH Aizzudin Abdurrahman (2012-2017), Gus Nabil Haroen (2017-2022). Gus Nabil terpilih kembali pada Konggres ke-4 Pagar Nusa di Jakarta usai berseteru suara dengan Gus Sholahul Aam Notobuwono atau Gus Aam pada 5-7 Desember 2022.
Pada tanggal 3 Januari 2023 tepat Harlah ke- 37 Pencak Silat Pagar Nusa. Berikut Twibbonize nya :
